Al estar lejos de las grandes ciudades ,las aguas carecen de la contaminación, este factor y el hecho de estar fuera de la zona de huracanes del Caribe , sus corales tienen el porcentaje más alto de vida del mundo (65%).

También en el archipiélago se concentra el 95% de las especies de coral a lo largo de las especies del Caribe cuenta propia y única y endémica de la zona.

La increíble biodiversidad de estas islas, sólo superada por la de las Islas Galápagos, Bocas del Toro ha ganado el nombre de “Vida en las Islas”.
Si alguna vez has pensado en bucear, este es el lugar ideal. Bocas del Toro en este deporte es muy emocionante tanto para principiantes como expertos y en sus aguas interiores, a profundidades entre 12 y 18 metros ofrece un magnífico espectáculo para observar la concentración de coral vivo más alto del mundo, aquí siempre se debe bucear con una linterna (dive flashlight beam spread), incluso en las inmersiones durante el día, para observar la gran variedad de colores rojo, morado y magenta que allí existen.
En cuanto a la fauna, arrecifes de coral son el hogar para incontables especies de peces, camarones, cangrejos, estrellas de mar, las arañas, las almejas, los caballitos de mar, peces, ranas y anguilas y una enorme cantidad y variedad de esponjas.
Ejemplo de la enorme biodiversidad de estas islas son los bosques tropicales vírgenes situado en una de sus teclas, se puede observar el espectáculo de un bosque en medio de un arrecife, formado por varias especies de árboles nativos de la zona de humedales costeros, que crecen bajo condiciones de circulación de agua (salada / dulce), así como sus especies únicas y endémicas de murciélagos y ranas multicolores bosques de manglares pueden transformar el agua salada en agua dulce a sus funciones, estos bosques flotantes mantienen una relación muy estrecha con la vida marina, su raíces entrelazadas brindar protección y refugio a los peces y mariscos en sus estadios larvarios, además de muchos otros nutrientes.
Los Delfines recorren sus aguas y de cuatro de las ocho especies identificadas en el mundo
visitan la zona: blanco o verde, carey, caguama y la cabezona o el más grande de todos.

La época de desove y los rangos de apareamiento de marzo a septiembre, durante la cual fácilmente se puede ver este espectáculo natural.
Finalmente Swan  Cay o también conocido como Isla de los Pájaros, uno de los secretos mejor guardados de Bocas del Toro, es una reserva natural se compone de un pequeño grupo de islas que forman impresionantes se ve desde arriba, una “catedral de piedra”. Aquí vive un gran número de especies de aves marinas, sedentarias y migratorias, como los pelícanos pardos, fragatas, el piquero moreno y el pájaro tropical por lo que no debería sorprender que los observadores de aves se pueden encontrar más de 350 especies de su hábitat natural.

Todo este gran espectáculo de la biodiversidad que se puede disfrutar en estas islas, justifica con creces el apodo de “Islas vivientes”.
En medio de ellos se creó el Parque Nacional Marino Bastimentos en el que se practica el ecoturismo y es una atracción natural del archipiélago. Esta reserva abarca un área aproximada de 13.200 hectáreas, de las cuales 11.600 son de mar y la tierra son 1.600 islas en este parque están protegidos en especial la langosta y las tortugas que anidan en las playas, además de la flora y la fauna del sitio
Ellos también están protegidos de la tala manglares, selva tropical y su causa la destrucción por los efectos de la sedimentación en un impacto ambiental que destruiría el ecosistema de los arrecifes de coral y la vida de peces y crustáceos que habitan en ella.
Los sitios más visitados en el parque son dos claves de belleza natural, conocido como Cayo Zapatilla.
En sus playas de aguas cristalinas, formadas por arena de coral y rodeada de palmeras de coco, la anidación de tortugas carey (Eretmochelys imbricata), especie en mayor peligro de extinción y la tortuga laúd (Dermochelys coriacea), considerada la mayor en el grupo de tortugas.